Ο επικρατέστερος χαρακτηρισμός του Α. Παπαδιαμάντη για πολλές δεκαετίες υπήρξε «κοσμοκαλόγερος», χαρακτηρισμός που δικαιωνόταν από την οικογενειακή του καταγωγή –γιος ιερέα- και από τον τρόπο ζωής του –ψάλτης στην εκκλησία του Αγίου Ελισσαίου. Κάτω από την απλοϊκή, την κατανυχτική, τη χριστιανική, την ποιητική, την υποβλητική επιφάνεια των «χριστουγεννιάτικων» και των «πασχαλιάτικων» διηγημάτων των σχολικών βιβλίων σκιαγραφούνται ήρωες όπως η στρίγγλα μάνα Δελχαρώ, η φόνισσα γιαγιά Χαδούλα Φραγκογιαννού, ο πότης, αδιάφορος, ελλιπής σύζυγος, τα κουτσομπολιά, οι συκοφαντίες, τα μάγια, οι εκτρώσεις. Η βίωση της αμαρτίας και η πάλη με το κακό και τους πειρασμούς της ζωής αποτελούν τη βάση του χριστιανισμού του Α. Παπαδιαμάντη.
Η Φραγκογιαννού πνίγει τα θύματά της και τελικά βρίσκει τον ίδιο θάνατο, πνίγεται προσπαθώντας να φτάσει το εκκλησάκι του Αϊ Σώστη (τραγική ειρωνεία). Ο Α. Παπαδιαμάντης την αφήνει μετέωρη μεταξύ θείας και ανθρώπινης δικαιοσύνης γιατί; Η Ε. Πετρογιάννη αξιοποιώντας τις θέσεις του συγγραφέα για την κόλαση και το παράδεισο γράφει:
«Η Φραγκογιαννού, αμετανόητη για τα εγκλήματά της, αποφασίζει να πάει πρώτα στο μοναχό Ακάκιο, στο εκκλησάκι του Αι-Σώστη, να εξαγορευτεί δηλ. να εξομολογηθεί, πιστεύοντας πως ο πνευματικός θα τη βοηθήσει να διαφύγει με διερχόμενο πλοίο στην Εύβοια. Με την σκέψη αυτή ο Παπαδιαμάντης επικυρώνει την ελευθερία βούλησης της Φραγκογιαννούς και την απεγκλωβίζει από τη διαδικασία της σωτηρίας, δηλαδή τις τύψεις και τις ενοχές για να επέρθει η σωτηρία. Κατά τον Παπαδιαμάντη οι άνθρωποι είναι μέτοχοι μιας φύσης, η οποία έχει εκπέσει, αλλά παράλληλα έχει όλες τις πιθανότητες σωτηρίας η οποία όμως εξαρτάται από το κριτήριο του Θεού και όχι των ανθρώπων.»
«Η ερευνήτρια Στ. Χελιδώνη διαπίστωσε μια πρωτότυπη «εκκλησιαστική παράδοση κρυμμένη στο ‘κοινωνικό μυθιστόρημα’ του Α. Παπαδιαμάντη ‘Φόνισσα’». Τα σημεία διακειμενικότητας της «Φόνισσας» με την εκκλησιαστική τέχνη και λογοτεχνία δηλ. τα σημεία που ο συγγραφέας μεταφέρει στη νουβέλα εκφράσεις εκκλησιαστικών κειμένων ή περιγραφές εκκλησιαστικών αγιογραφιών είναι τα εξής:
1) Οι περιγραφές των πνιγμών που διέπραξε η Φραγκογιαννού, δύο βρεφών και τριών κοριτσιών -τον έναν πνιγμό ουσιαστικά δεν τον έπραξε η ίδια, αλλά τον εύχεται, συνδυάζονται κατά την ερευνήτρια Στ. Χελιδώνη με α) περιγραφή μεθόδων πρακτικής ιατρική απελευθέρωσης της αναπνοής «σχάζοντας» δια των δακτύλων την υαλοειδή μεμβράνη στο φάρυγγα του βρέφους, β) ανιστορήσεις με θέμα το θαύμα της σωτηρίας από πνιγμό από το «Βίο Αγίου Πορφυρίου Επισκόπου Γάζης» του Μάρκου Διακόνου και από το «Βιβλίον ωραιότατον καλούμενον Αμαρτωλών σωτηρία» του Αγαπίου Λάνδου, που εκδόθηκε το 1641.
2) Στη συνέχεια η Στ.Χελιδώνη παρουσιάζει τα στάδια πνιγμού. Πρώτο είναι η κατάδυση, που συμβολίζει τον θάνατο και δεύτερη ανάδυση, που συμβολίζει την κάθαρση. Κατά έναν προχριστιανικό συμβολισμό, το πρώτο συμβολίζει το θάνατο και το δεύτερο την κάθαρση και την αναγέννηση. Στη «Φόνισσα» απαντούν τα στάδια με την εκ διαμέτρου αντίθετη κατάληξη. «Μια επιπλέον απόδειξη ότι το θαύμα της σωτηρίας από πνιγμό συνδέεται στενά με το μυστήριο του βαπτίσματος δίνει η εικονογραφική παράδοση, όπου το θαύμα αποτελεί μέρος από το αφηγηματικό συμπλήρωμα της ιστόρησης της βάπτισης, όπως, για παράδειγμα, το λουτρό του βρέφους Ιησού της γνωστής παράστασης της γέννησης. Ένα χαρακτηριστικό δείγμα ενσωμάτωσης του θαύματος προσφέρει η τοιχογραφία της βάπτισης στην Παλαιά Μητρόπολη Βεροίας.» Ο Παπαδιαμάντης γνώριζε πολύ την εικονογραφία της Βάπτισης όπως αποδεικνύουν οι περιγραφές των ναών από όπου περνούν οι ήρωες της Φραγκογιαννούς.
3) Τέλος, η Στ. Χελιδώνη διαπιστώνει πως το χρονικό άπλωμα της «Φόνισσας», δηλ. από τα Θεοφάνεια μέχρι την Κυριακή του Θωμά, το οποίο παρουσιάζει το τρίπτυχο: Γέννηση -Βάπτιση-Ανάσταση του Θεανθρώπου, δεν ήταν τυχαίο γιατί αντιστοιχεί στο συμβολικό άνοιγμα του μυστηρίου του βαπτίσματος.» (Ελένη Πετρογιάννη)